Fantasma Negro e uma historia que se passa no Paraguai e na Bolivia durante um periodo tumultuoso, no inicio da decada de 1930, quando ouro negro e o nome do jogo, e uma guerra por procuracao - Bolivia contra Paraguai - e travada em nome de sinistras empresas petroliferas internacionais que querem, mais do que qualquer coisa, roubar os recursos naturais das duas pobres nacoes. Assim que os primeiros tiros sao disparados no Paraguai, em uma guerra que terminara com a morte de cem mil homens por causa do ouro negro, uma fera perigosa espreita a terra selvagem e inospita do Gran Chaco, matando o gado dos colonizadores que recem chegaram ao pais sul americano, os Menonitas. Menno Pannabacker, um lider menonita, decide procurar a ajuda de seu amigo Tumpa Gonzalez, um indio Guarani local e rastreador de boa reputacao, para cacar o animal, uma onca gigante chamada de Fantasma Negro. No entanto, o lider Guarani, Chefe Barrios, esta zangado com os Gringos, pois acusam um dos Europeus de assassinar um dos seus. Apos muito debate, Pannabacker recebe a bencao do Chefe e, com Gonzalez como lider do grupo de caca, eles embarcam em uma cacada para matar o Fantasma Negro. Enquanto isso na Bolivia, uma expedicao petrolifera americana, liderada por geologos que estavam trabalhando para a Standard Oil de New Jersey, atravessa a fronteira para o Paraguai, onde havia a promessa de encontrar petroleo alem dos seus sonhos mais loucos. Duas missoes - uma por riqueza e outra por vinganca estao em rota de colisao enquanto ao redor delas uma ameaca de guerra total nao esta longe.