Proteómica cuantitativa con X!Tandem (TPP) - Skyline - MSstats

El prop sito de este trabajo es brindar una gu a pr ctica y til enfocada al an lisis de prote mica cuantitativa, tanto libre de marcaje como con determinados marcajes, para los estudiantes de trabajos de fin de grado, de fin de m ster y de doctorado en reas de ciencias como los desarrollados en Departamentos de Bioqu mica y Biolog a Molecular. En estas p ginas se describir , en detalle, los diferentes pasos a seguir para realizar un an lisis fiable de las muestras haciendo uso de los programas libres X Tandem (en la plataforma TPP: Trans Proteomic Pepiline), Skyline y MSstats (junto con otra alternativa, Perseus), sin necesidad de tener que aprender c digo. Gracias al desarrollo de los pasos aqu mostrados se podr pasar desde los archivos crudos (.raw, en equipos de ThermoScientific) obtenidos en el espectr metro de masas a las tablas finales filtradas por fold change y valor de p, as como se da unas pinceladas de an lisis posteriores, pero necesarios, a la obtenci n de estos datos.