Simulation de données issues d'expériences de cartographie par séquençage

Les progr s r cents des technologies de s quen age de nouvelle g n ration (NGS) ont permis de r duire le temps n cessaire l'identification des mutations en g n tique directe, l'un des principaux moyens de caract riser la fonction des g nes chez les plantes. La m thodologie utilis e pour identifier les mutations induites par des mutag nes physiques ou chimiques dans une population de cartographie est connue sous le nom de mapping-by-sequencing. Parmi les diff rentes techniques qui utilisent cette m thodologie, la cartographie de nouvelle g n ration (NGM) se distingue par le fait qu'elle n cessite un petit nombre de mutants dans la population de cartographie. Cependant, dans les travaux publi s, la raison pour laquelle les param tres utilis s pour former la population de cartographie (nombre d'individus, nombre de mutants, mode de croisement) et pour le s quen age (plateforme utilis e, m thode de s quen age, couverture) ont t utilis s dans les exp riences n'est pas claire. Pour cette raison, un pipeline bioinformatique a t d velopp qui permet la simulation de donn es provenant d'exp riences utilisant la technique NGM avec la plante mod le Arabidopsis thaliana, une des plantes les plus tudi es et s quenc es dans la litt rature.